常见的灭菌方法有湿热灭菌法、干热灭菌法、辐射灭菌法、过滤除菌法和化学灭菌法等。

• 湿热灭菌法：以高温高压水蒸气为介质，借助水蒸气的巨大潜力和的穿透力使蛋白质变性或凝固进而造成微生物死亡，是一种在生物实验室和药物制剂生产过程中常用的灭菌方法。
• 干热灭菌法：在干燥环境下借助高温杀死细菌或芽孢的技术。该法适用于不耐受湿热环境的物品，如干燥粉末、油脂、器械等。干热灭菌法所需温度高，时间较湿热灭菌法更长。干热灭菌法不适用于不耐热材料，如塑料等。
• 辐射灭菌法：利用电离辐射杀死大多数物质上的微生物的一种有效方法。它们可以通过特定的方式控制微生物生长或者杀死微生物。辐射灭菌法适用于无法耐受高温环境的物品，如在常温或低温下进行食品的灭菌处理，在维持食品质量的同时做到无残留。
• 过滤除菌法：利用物理阻留的方法将液体或空气的细菌除去，从而达到无菌目的。该方法只适用于液体及气体的除菌，如细胞培养时给细胞装置通气孔连上一个除菌空气滤器以实现除菌。
• 化学灭菌法：用化学药品直接作用于微生物而将其杀死的方法，可分为气体灭菌法和液体灭菌法。气体灭菌法采用气体灭菌剂进行灭菌，如臭氧、环氧乙烷等；液体灭菌法采用液体灭菌剂进行灭菌。凡是不适用于物理灭菌的物品都可以采用化学灭菌法。