离子色谱仪以离子交换树脂为固定相的离子色谱法通常使用酸性或碱性水溶液作为流动相，最后根据不同的待测离子与固定相之间的离子交换能力差异实现分离。每种待测组分与离子交换器之间的亲和力与离子半径、电荷和离子的存在形式有关。亲和力越大，分析物在固定相中停留的时间越长。
离子色谱仪操作流程：
系统处理及控制系统上电接通后，进入操作界面，并进入系统操作面板，开始操作前的准备及管理工作。
打开泵。如色谱分析仪长时间不使用或更换淋洗液后，要先打开平衡泵头上的PRIME阀排气后再开泵，待泵压力稳定后再打开抑制器电源。
在进入色谱柱之前通过进样器将样品导入,流动相将样品带入色谱柱,在色谱柱中各组分被分离,并依次随流动相流至检测器。
检测器检测到的信号送至数据系统，利用操作界面做完样后，选择检测标准进入数据处理，对采集数据进行记录、处理、打印或者保存等操作。
关机，系统关机需要根据检测样品不同选择不同关机步骤。对于阴阳离子，需要先将抑制器电流关掉，然后再关泵，最后关主机。
离子色谱仪组成部件的维护方法：
进样阀：进样阀如果污染了容易造成堵塞，每次做完实验应该对进样阀进行清洗，避免残留和污染，清洗完还要注意防止灰尘污染。
抑制器：抑制器重要的是内部要保持湿润，如果长期不使用要定期进行冲洗，冲洗完毕后将几个与大气相同的端口封闭保存。另外如果没有液体经过抑制器时，不能开电流，否则内部的交换膜会被电解干裂，造成损坏。
色谱柱：色谱柱在淋洗液的环境中密封保存即可，尽量避免用水去冲洗，因为色谱柱在酸性或者碱性条件下更容易抑制细菌的生长，而且更接近于使用环境，纯水保存容易变质，另外色谱柱难承受有机物和重金属的干扰，进样品尽量避免此两种物质进入。如果长时间不使用色谱柱，也要定期使用淋洗液进行清洗，防止内部干燥和细菌生长。
