荧光显微镜是现代显微研究和检测的重要手段之一，广泛应用于医药、生物、农牧业、矿业、工业、环保、法医学、商检、食品地质等诸多领域。它的主要工具是数码荧光显微镜。此外，如果配备显微镜数码相机、数码相机及相关适配器等，可配备用于显微图像的照相设备。
数码荧光显微镜以紫外光为光源照射被测物体使其发出荧光，然后在显微镜下观察物体的形状和位置。荧光显微镜用于研究化学物质在细胞中的吸收、运输、分布和定位。细胞中的一些物质，如叶绿素，在紫外线照射后会发出荧光；其他物质虽然自身不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色，紫外线照射后也能发荧光。荧光显微镜是对这些物质进行定性和定量研究的工具之一。
1、打开灯源。超高压汞灯需要预热几分钟才能达到zui亮点。
2、透射荧光显微镜在灯源和聚光器之间应装有所需的激发滤光片，物镜后面应安装相应的阻隔滤光片。所需的激发滤光片/双色分束器/阻挡滤光片块应插入落射式荧光显微镜光路的槽中。
3、用低倍显微镜观察，根据不同型号荧光显微镜的调整装置调整光源中心，使其位于整个光斑的中心。
4、放置试样，调焦后观察。使用时注意：过滤器安装在末端时不要直接用眼睛观察，以免损伤眼睛；用油镜观察试样时，必须使用无荧光的专用油镜；高压汞灯在关闭后不能立即再次打开。5分钟后才能启动，否则会不稳定，影响水银灯的使用寿命。
在教学平台上的数码荧光显微镜下观察用o.01%吖啶橙荧光染料染色的细胞。细胞核和细胞质被激发产生两种不同颜色的荧光（深绿色和橙红色）。
