虽然大孔树脂在理论上是不可降解的惰性高分子物质，具有较大的生物安全性，但由于合成大孔树脂所用原料往往具有一定或较大毒性，而合成反应本身一是可将原料包裹在树脂内，二是大孔树脂本身也可吸附这些有机原料，其中被充填、吸附的原料可在树脂的续后处理如清洗纯化或不断的应用中被清洗干净，但包裹于树脂内的溶剂残留则可长期存留于树脂内，因此，作为安全性考虑，应当对树脂本身及经大孔吸附树脂分离纯化的产品二者均进行安全性检测，制定安全性标准(化学和生物学的安全性标准)。前者可由树脂生产企业完成，后者由使用者完成。由于树脂中包裹的有机溶媒有一个长期、缓慢的释放过程以及“污染”的有害物质不一定全是有机溶剂等复杂情况，而现今积累的资料又不多，因而为谨慎起见.树脂应当进行生物学
毒理试验。
由于不同大孔树脂生产原料的来源、工艺及纯化过程各不相同，特别是生产大孔树脂用原料及其质量的差别很大，有时同一树脂厂生产同一型号树脂都很难应用完全相同的原料，因而建议将供中药分离纯化用树脂的生产厂纳人SDA管理范围，并于适当时机进行GMP改造和认证，从而从原料、生产过程和终产物两面确保树脂的均一性和安全性。
