水井钻机由于钻头选型不当，使得钻井速度慢、成本高。正确地选择钻头，一方面要对现有钻头的工作原理与结构性能特点有清楚的了解；另一方而还应对所钻地层的岩石物理性能有充分的认识，如对岩石的硬度、塑脆性、研磨性、可钻性等要做到心中有数，从而合理确定牙轮钻头的型号。水井钻机选择钻头的基本原则是把钻进成本降到。
1.牙轮钻头选型的一般原则

牙轮钻头的选型是否合理，与钻井施工成本的关系很大。所以，水井钻机根据施工情况合理地选择钻头非常关键。目前，在水井钻进方而使用的牙轮钻头均为石油钻井规格，其中三牙轮钻头的使用普遍，但在特殊水井施工时只能采用自制的组焊式牙轮钻头。

2.研磨性地层的钻头选型
研磨性地层会使钻头牙齿过快磨损，机械钻速降低很快。而钻头进尺少，特别会磨损钻头的轨径齿以及牙轮背锥与爪尖，使钻头直径磨得变小，致使轴承外露，更加速钻头的损坏，在这种地层钻进选用镶齿钻头。
3.软硬交错地层的钻头选型
软硬交错地层一般应选择镶齿钻头中加高楔形齿或加高锥球形齿，这样既在较软地层中有较高的机械钻速，也能保证在硬地层中的可钻性。但水井钻机在钻进时钻压与转速上应有所区别，在软地层钻进时可提高转速、降低钻压，在硬地层井段应提高钻压、降低转速，从而达到更好的地质经济效果。
4.易于井斜地层的钻头选型
地层倾角较大是产生井斜的主要的原因，而下部钻柱的弯曲与钻头类型的选择不当，是造成井斜的技术因素。
通过长期生产实践看，移轴类型的钻头在倾斜地层钻进时易造成井斜，所以应选用不移轴或移轴量较小的牙轮钻头。同时，在保证移轴小的前提下，还应选取比地层岩石性能较软类型的钻头，这样可在较低的钻压下提高机械钻速，既能保证钻进速度，又能降低井斜。
5.浅井段与深井段的钻头选型
在浅井段应选用机械钻速较高类型的钻头，深井段应考虑使用寿命长的钻头、这样选型既经济又安全。
在选择水井钻机时，要选择高质量，效率快的水井钻机，还要选择好的钻头，与水井钻机结合使用，从而使施工效率变快，更早的完成工期。