理论上讲，这两种仪器的运用原理都一样，都是使用近红外光来进行分析，但是红外光谱仪一般来说结构比较复杂,红外光谱仪单色器结构主要是迈克尔逊干涉仪，该类单色器结构复杂，精度高，同时进行光谱数据处理时也充分利用傅里叶转换和反傅里叶转换。红外分光光度计的单色器一般用光栅进行扫描分光，这部分结构比迈克尔逊干涉器简单，单色器的结构也简单。在光谱数据处理方面，主要采用指导、光滑、中心化、小波变化、最小二乘法、偏最小二乘法等方法进行处理。

红外光谱仪是利用物质对不同波长的红外辐射的吸收特性，进行分子结构和化学组成分析的仪器。红外光谱仪通常由光源，单色器，探测器和计算机处理信息系统组成。根据分光装置的不同，分为色散型和干涉型。对色散型双光路光学零位平衡红外分光光度计而言，当样品吸收了一定频率的红外辐射后，分子的振动能级发生跃迁，透过的光束中相应频率的光被减弱，造成参比光路与样品光路相应辐射的强度差，从而得到所测样品的红外光谱。红外分光光度计由光源发出的光，被分为能量均等对称的两束，一束为样品光通过样品，另一束为参考光作为基准。这两束光通过样品室进入光度计后，被扇形镜以一定的频率所调制，形成交变。