微波多肽合成仪是在传统固相合成仪基础上，引入微波能量来加速和优化化学反应的核心设备。其使用步骤可分为准备、合成程序执行、后处理三个阶段，其核心优势在于微波辐射能显著提高反应速率和效率。
第一阶段：合成前准备
1、序列与程序设计：在配套计算机软件中输入目标多肽的氨基酸序列。软件将自动计算试剂用量，并生成包含每一步微波功率、加热温度、反应时间等关键参数的合成程序。
2、试剂与树脂准备：
固相载体：称取适量树脂（其负载量决定合成规模）放入专用的合成反应器中。
氨基酸溶液：将每一个被保护的氨基酸单体，按照计算好的摩尔当量，分别溶解于特定的偶联溶剂（如DMF）中，并置于仪器的指定试剂位。
试剂准备：准备好脱保护剂（如用于Fmoc法的哌啶溶液）、活化剂（如HBTU、HATU等）、洗涤溶剂等，并装入仪器对应的储液瓶。
第二阶段：自动化微波合成循环
这是仪器自动执行的核心过程，每一步都在微波辐照下进行：
1、溶胀与洗涤：程序启动，先用溶剂使干燥的树脂充分溶胀，以增加反应位点可及性。
2、脱保护循环：向反应器加入脱保护剂，在设定的微波功率和温度（例如50-75°C）下进行反应。通常仅需1-3分钟即可完全移除Fmoc保护基，传统方法则需要20分钟以上。随后用大量溶剂彻底洗涤树脂。
3、偶联循环：这是最关键步骤。仪器将活化的氨基酸溶液和活化剂溶液同步或依次注入反应器。在微波加热（温度通常控制在50-90°C）下，肽键形成反应在数分钟（通常2-10分钟）内即可完成，效率接近99.5%以上，远超传统数小时的效果。反应后再次进行彻底洗涤。
4、循环延伸：上述“脱保护-洗涤-偶联-洗涤”步骤为一个循环。仪器自动按序列顺序重复此循环，直至完成最后一个氨基酸的连接。
第三阶段：合成后处理与纯化
此阶段通常在仪器外进行：
1、最终洗涤与干燥：合成完成后，仪器用不同溶剂（如DMF、甲醇、二氯甲烷等）依次洗涤树脂，然后抽干。
2、切割与脱保护：将树脂从反应器转移至专用容器，加入切割试剂（如TFA为主的混合酸）。此步骤在室温或轻微加热下进行约1-3小时，将多肽从树脂上切下并移除所有侧链保护基。
3、沉淀与纯化：将多肽溶液滴入冷的乙醚中沉淀，离心获得粗肽粉末。最后使用高效液相色谱进行纯化，并经质谱鉴定确认。
总结而言，
微波多肽合成仪的使用，是通过精密编程，让微波能量精准作用于每个合成步骤，从而将传统需要数天甚至数周的合成过程，缩短至数小时，是现代高通量、高效率多肽合成的强大工具。
