透射荧光显微镜
光源：压汞灯或卤素灯。
聚光镜：使用暗场聚光镜，使激发光和荧光分离出来。
物镜：可用任何种类的物镜。
标本：因为是透射观察，薄的标本比较适合。
点：①由于用了暗场聚光镜，激发光不能进入物镜，因此容易形成暗的背景，得到良好的反差，且任何物镜都可用于观察。②用低倍物镜时，比反射荧光显微镜更亮。
缺点：必须正确调整聚光镜中心和度，否则不能获得明亮的荧光像。由于暗视场聚光镜焦距限制，不能使用厚的载玻片。视场照明区不能过大，否则容易使荧光标本荧光色衰褪。厚的或不透明的标本不适用。
反射荧光显微镜
光源：压汞灯或卤素灯。
聚光镜：因为物镜作为聚光镜，所以不需要聚光镜。
物镜：所用物镜必须能透过足够的紫外光，而且本身不产生荧光，对数值孔径没有限制。
标本：厚的标本或不透明的标本都能观察。
点：①由于物镜兼作聚光镜，不需要很多调节。②采用柯拉照明法，可利用孔径光阑和视场光阑的效果。③物镜数值孔径不受限制，在放大倍率时，也可以获得分辨率的像。④厚的或不透明的标本也能观察，厚的盖玻片也能使用。⑤其它观察法也能与反射荧光结合使用，特别和相差法和透射微分干涉差法相结合。⑥可以避免不必要的荧光色衰褪现象。
缺点：在用地倍率物镜时，像比较暗，因此必须用大数值孔径的物镜。滤光镜系统必须有效地分离开激发光和荧光。
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