2002年12月24日颁布的《城镇污水处理厂污染的排放标准》(GBl8918-2002)中将微生物指标列为基本控制指标，规定污水处理厂出水必须进行消毒处理，
目前污水处理消毒方式主要有紫外线消毒，氯消毒，臭氧消毒，ClO2消毒等。
1、紫外线消毒
紫外线是一种频率高于可见光的电磁波，按其波长可以分为UV—A(315nm~400nm)、Uv．B(280nm~315nm)和UV—C(100nm~280nm)三个波段。其中UV．C波段恰好处在微生物的吸收峰范围之内，因此UV—C波段的紫外线杀菌效果*好。实验证明，在260nm左右的紫外光，杀菌效率*高，目前用于污水处理消毒的紫外波长均为253.7nm。
紫外线消毒是利用紫外光发生装置，产生的强紫外c光照射水、空气、物体表面，当水、空气、物体表面中的各种细菌、*、寄生虫、水藻以及其它病原体受到一定剂量的紫外c光辐射后，其细胞中的DNA结构受到破坏，达到消毒和净化的目的。
紫外消毒特点：
①消毒速度快，效率高，占地面积小
②不影响水的物理化学成分，不增加水的臭和味
③设备操作简单，便于运行管理和实现自动化等
紫外消毒缺点：
①不具后续消毒能力，易产生二次污染
②只有吸收紫外线的微生物才被灭活，污水SS较大时，消毒效果很难保证
③细菌细胞在紫外线消毒器中并没有被去除，被杀死的微生物和其它污染物一道成为生存下来的细菌的食物
2、液氯消毒
液氯是一种强氧化剂，*早用于污水处理厂消毒。由于其杀菌能力强，价格低廉，消毒可靠，是目前应用*为广泛的消毒剂。液氯消毒法的消毒机理是利用液氯溶解于水生成次氯酸和盐酸：
Cl2+H2O= HCIO+HC1
次氯酸HCIO扩散到细菌表面，并穿过细菌的细胞壁穿透到细胞内部。当HC1O分子到达细菌内部时，发生氧化作用破坏了细菌的酶系统而使细菌死亡。
液氯消毒缺点：
①液氯消毒的安全性较差。
②液氯消毒存在二次污染。氯与污水中某些有机和无机成分反应，生成一系列稳定的含氯化合物，其大部分对人体健康有害，有些含氯化合物有致癌性。
③氯与污水中的氨反应生成的氯氨，会降低消毒效力，而且氯氨排入水体后会对环境生物产生毒性作用。
3、臭氧消毒
臭氧消毒法是利用组成臭氧的三个氧原子的不稳定特性，分解时放出新生态氧，而新生态氧具有非常强的氧化能力，对细菌和*产生强大的杀伤力，致使细菌和*死亡。臭氧消毒效率高，并能有效地降解污水中残留的有机物，脱色除味效果优异，而且污水的pH值、温度对消毒效果影响较小，不产生一次污染。
用臭氧给城市污水处理厂出水消毒存在投资大、运行成本高，设备管理复杂等缺点，另外当水量和水质发生变化时，臭氧投加量的调节比较困难。因此，臭氧消毒主要适用于对出水水质要求高、出水中含较高色度或者难降解物质、水量不大的工业废水处理消毒和小规模城市污水处理消毒，不适用于大中型城市污水处理厂。
4、二氧化氯消毒
二氧化氯化学性质活泼，易溶于水，在20℃下溶解度为107．98g／L，是氯气的溶解度的5倍。二氧化氯是广谱型消毒剂，其氧化能力是氯的25倍。对水中的病原微生物包括*、芽孢、真菌、致病菌及肉毒杆菌均有很高的灭活效果，有剩余消毒能力。二氧化氯在控制THMs(三卤甲烷)的形成和减少总有机卤方面，与氯相比具有性。二氧化氯去除水中的色度、嗅、味的能力也较强。
二氧化氯发生器工作原理：
化学方程式：
NaClO3+2HCl=NaCl+ClO2+1/2C12+H2O   
5NaClO2+4HCl=4ClO2+5NaCl+2H2O
原料供应系统内的氯酸钠水溶液和盐酸（浓度30-31%）在计量调节系统、电控系统的作用下被定量输送到反应罐内，在一定温度下经过负压曝气反应生成二氧化氯和氯气的气液混合物，经吸收系统吸收制成一定浓度的二氧化氯混合消毒液，投加到待处理的水中或需要消毒的物体，完成二氧化氯和氯气的协同消毒、氧化等作用。
5、次氯酸钠消毒，次氯酸钠可用次氯酸钠发生器，以海水或食盐水的电解液电解产生。次氯酸钠中有效氯在 5-15%左右，次氯酸钠消毒是依靠OCI-的作用，
NaCIO +H2O=HOCl+ NaOH
从次氯酸钠发生器发出的次氯酸可直接注入污水中进行接触消毒。
次氯酸钠消毒方式的优点 ：溶液毒性小，并且比氯气消毒系统更容易操作；与氯气消毒系统相比，所需的培训少。
次氯酸钠消毒方式的缺点：次氯酸钠易变质，次氯酸钠的投加有增加无机物副产品的可能（氯酸盐，次氯酸盐和溴酸盐），对一些物质有腐蚀作用，相对于其他溶液不易储存， 化学药剂的费用较氯气高。