⑴固定相选择
柱色谱中提到的吸附剂都可以用作为薄层色谱的固定相，分离性能及使用选择同柱色谱的选择原则相同(各种吸附剂见柱色谱表1)。
一般用于薄层色谱时，要求吸附剂的粒度更小。商品吸附剂区分为色谱级(用于柱色谱)和薄层色谱级(用于薄层色谱)。
⑵展开剂选择
薄层色谱展开剂的选择和柱色谱一样，主要根据样品中各组分的极性、溶剂对于样品中各组分溶解度等因素来考虑。展开剂的极性越大，对化合物的洗脱力也越大。(各种溶剂极性见柱色谱表2)。
选择展开剂时，除参照表列溶剂极性来选择外，更多地采用试验的方法，在一块薄层板上进行试验：
①若所选展开剂使混合物中所有的组分点都移到了溶剂前沿，此溶剂的极性过强；
②若所选展开剂几乎不能使混合物中的组分点移动，留在了原点上，此溶剂的极性过弱。
当一种溶剂不能很好地展开各组分时，常选择用混合溶剂作为展开剂。先用一种极性较小的溶剂为基础溶剂展开混合物，若展开不好，用极性较大的溶剂与前一溶剂混合，调整极性，再次试验，直到选出合适的展开剂组合。合适的混合展开剂常需多次仔细选择才能确定。
⑶相对移动值
从点样原点开始到展开后的溶剂前沿，是溶剂的移动距离，记为lo，混合物中各组分的移动距离分别记为l1，l2，l3 …(移动值示意图)。
在不同的展开条件下，各化合物的移动距离不会相同，而在同一条件下，相对于展开剂的移动距离，各化合物有可比较的展开数据，称为相对移动值，或比移值：
Rf=li/lo
在相同条件下测得的比移值可以用于化合物的薄层色谱特征值进行比较对照。
⑷显色
分离的化合物若有颜色，很容易识别出来各个样点。但多数情况下化合物没有颜色，要识别样点，必须使样点显色。通用的显色方法有碘蒸气显色和紫外线显色。
①碘蒸气显色：将展开的薄层板挥发干展开剂后，放在盛有碘晶体的封闭容器中，升华产生的碘蒸气能与有机物分子形成有色的缔合物，完成显色。
②紫外线显色：用掺有荧光剂的固定相材料(如硅胶F，氧化铝F等)制板，展开后在用紫外线照射展开的干燥薄层板，板上的有机物会吸收紫外线，在板上出现相应的色点，可以被观察到。
有时对于特殊有机物使用专用的显色剂显色。此时常用盛有显色剂溶液的喷雾器喷板显色。
