冷冻干燥机的控制系统类型及功能各异，对于实验真空冷冻干燥机，主要应用于物料的冻干工艺摸索和少量试生产。因此，控制系统应可实时显示冻干过程参数并自动记录；设定、修改及有效地执行冻干工艺程序；具备通讯接口，便于数据采集、保存。
极限真空度体现冷冻干燥机的泄漏情况及真空泵的抽气效率。冻干箱的真空度，过去的观点认为真空度是越高越好，现在的观点认为真空度应在一个合理的范围之内。真空度太高了，不利于传热，干燥速度反而下降，但无论如何冻干箱的空载极限真空度应达到15Pa以上。
冷冻干燥机制冷系统铜管断裂可能会导致氟利昂泄漏：
冻干机的制冷系统由于压缩机运行时振动，以及开关机时的冲击振动，很容易造成焊接部位及铜管局部薄弱部位裂缝。杜绝此类问题的发生，主要是要大限度的减少振动。
冷冻干燥机的漏油事故分析：
产生原因：
1.转轴、油窗、放油孔等部位的密封圈损坏或装配不正确；
2.进气口压强过高；
3.油量过多，产生喷油；
4.排气盖下面的挡油网装反，引起喷油。
排除方法：
1.更换密封圈或重新装配；
2.设法减少进油量；
3.放出一部分油；
4.重新装配。
