薄层层析可以对物质成分进行定性和定量测定。
定性分析——根据日光或紫外光，不同成分的不同显色，判定物质的组成成分。
定量分析——洗脱法测定成分含量或薄层扫描法测定含量。
一、薄层层析定性检测
1）物理方法：主要紫外灯下检测，利用物质在254、365nm这两个单色光下产生不同颜色不同强度荧光来检测或利用在该光下不产生荧光而在荧光板上成为暗斑的方式检测。
2）化学方法：主要指显色剂显色法：显色剂分通用型和专属型。通用型能广泛的与不同类型化合物反应。专属型对某类化合物，共有某种功能基化合物起反应。常见通用型显色剂有碳化试剂（含不同浓度的酸）、磷钼酸、三氯化锑、还有水。专属型显色剂，较多、复杂、具体物质可照药典操作及查阅有关文献资料。
3）生物方式：将某些特定细菌的凝胶混悬液倒在展开后的薄层板上，用适当温度培养一段时间，以此检测某些具有抑菌或杀菌的活性物质。
二、薄层层析定量测定
1）斑点刮取定量：
刮取随行对照品同位置供试品的斑点，用适当溶媒提取后，用紫外分光法、气相法、原子吸收分光光度等色谱手段测定。
2）直接定量：
a比斑点面积：用每格1mm2透明格纸盖在薄层板上测量斑点所占面积mm2与对照品相互比较，定量误差在10-20之间。
b薄层扫描法：实际工作原则是：用一束长宽可以调节的一定波长一定强度的光，照射在薄层板斑点上，进行扫描，用仪器测量通过斑点的光束强度的变化，从而达到定量的目的。
测定方式分类：反射法：测量反射光的强度。
透射法：测量透射光的强度。
扫描方式分类：单波长法、单光束法；单波长、双光束法；双波长法。
薄层扫描仪的组成：光源、单色器、薄层板台架及驱动装置、检测器、数据处理仪。操作方法步骤有供试品前处理、点样、展开、上机扫描、数据处理。
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