薄膜蒸发器结垢轻则会影响它的运行效率，重则会造成蒸发器、换热器、换热管或者整套蒸发系统的堵塞，影响设备的正常运行，也可能导致设备停机或者停产。结垢是因为物料中所含有的大量杂盐在蒸发浓缩过程中结晶，形成晶核附着刮板式薄膜蒸发器内壁，久而久之就会出现结垢现象，此类结垢有水溶性结垢、硬性结垢等，每种垢体的处理方式有所区别。
一、水溶性结垢。主要是指在不加洗涤剂的情况下，光用清水就基本可以洗除的污垢，称为水溶性结垢垢。一般是溶解性无机盐。水对于这类成分有良好的溶解力和分散力。
二、硬性结垢。主要是指水不溶性结垢，主要是钙、镁和硅等不溶性无机盐，钙结垢是主要的硬性结垢。对于这类硬性结垢一般采用化学除垢法，常规的水煮法不能有成效处理。在清洗过程中，H+-会对金属机体产生腐蚀，并出现氢脆现象，因此清洗剂中要加入相应的缓蚀剂;溶解产生的Fe3+、Cu2+等氧化性离子会造成金属机体的点蚀、镀铜等现象，因此清洗液中还需加入掩蔽剂。
三、机械除垢法。一般采用动力锅炉除垢用的电动软轴刷管器进行处理，成效显然，但是费时费力，严重影响项目的正常生产秩序，大大增加生产成本。
四、高压水射流清洗。这种清洗方法就是将水流的压力升到数10兆帕，乃至到了100兆帕以上，直接冲刷被清洗的垢层，将垢层击碎以符合除垢的目的。
