智能电容器系统通电后首先调用初始化程序对系统进行初始化操作，初始化主要包括:设置标志位和变量初值、定时计数器初始化、中断初始化、通信模块初始化、液晶显示初始化、各接口芯片初始化等。

之后智能电容器开始自检，检测系统中是否存在过压欠压、过温、过流欠流、复合开关异常闭合、通信中断等故障，如果存在故障则进行故障处理，将故障信息在液晶显示屏上显示，并将投入的智能电容器组从系统中切除;自检成功之后对液晶显示屏进行刷新，使其能够实时显示智能电容器的工作状态，及无功补偿系统中的各个参数的情况;之后智能电容器判断自身在无功补偿系统中是作为主机还是从机。

如果没有连接无功补偿控制器，或与控制器通信中断，智能电容器作为主机运行;如果与无功补偿控制器通信良好，就作为从机运行，将从机标志位置位，之后等待主机命令;接着智能电容器开始进行数据处理。

通过采集到的数据进行各参数的计算;之后判断智能电容器是运行在自动模式还是手动模式，如果是手动控制，则进入手动控制的程序，根据按键的操作，直接控制复合开关进行投切;如果是自动模式，则根据投切控制方式，判断时候需要投切电容器，以及需要投入哪几组电容器，之后再驱动复合开关，控制电容器投入或切出。