近几年来，RFID技术不论是从技术还是应用实例上都发展很快，也成熟了很多。但RFID技术在推广应用中还是遇到了不少挑战，主要表现在成本、标准、精确度与应用模式等方面。主要表现在下面几个方面：缺乏成熟的应用模式和行业标准，以及相关产品标准不统一。
一、标准化是个大问题
标准化是推动产品广泛获得市场接受的必要措施，但射频识别读取机与标签的技术仍未见其统一，因此无法一体化使用。而不同制造商所开发的标签通讯协定，使用不同频率，且封包格式不一。而RFID技术又不像条码，虽有常用的共同频率范围，但制造厂商可以自行改变，此外，标签上的芯片性能，存储器存储协议与天线设计约定等，也都没有统一标准。尽管RFID的有关标准正在逐步开发制定、不断完善，但是不同国家又有自己的规则。有的业内人士担心，比制定条码标准各国更为困难的是，如果一个国家把某个频率权卖给某个商业企业后，在出现对其他系统的干扰时，这个国家就很难对这个频率段的使用情况进行监督管理。
二、RFID技术应用高成本问题
RFID系统无论是RFID标签、超高频读写器和天线，其价格都比较昂贵。在新的制造工艺没有普及推广之前，高成本的RFID标签只能用于一些本身价值较高的产品。美国目前一个RFID标签的价格约为0.30～0.60美元，对一些价位较低商品，采用高档RFID标签显然不划算。另外，对使用RFID系统客户而言，其设备投资也不菲，据有关报告指出，为每个商店安装一台RFID和EPC（电子产品编码）识读装置的成本至少是30-50万人民币，对于中小企业或组织而言，这方面的投资预算一般只有10-20万元。
三、RFID应用技术的突破
目前超高频RFID技术上尚未成熟，特别是应用于某些特殊的产品，如液体或金属罐等时，大量RFID标签无法正常起作用。标签的可靠性也是个大问题。就目前看来，现在普遍使用的134KHz和13.56KHz因传输距离太短，限制了RFID阅读器和标签间的传输距离，使若干标签不能有效地被读取，标签失效率很高。此外，RFID标签与读取机有方向性，射频识别讯号易被物体阻断，也是RFID技术发展一大挑战。即使贴上双重标签，仍有3％的标签无法识别。
四、隐私保护以及安全问题
企业采用射频识别系统后，原来由手工完成的工作将有很多被该系统取代，其衍生而来的问题就是将有许多劳工面临失去工作的危机。同时RFID的大规模应用还会涉及到隐私保护以及安全问题，当前的无源RFID系统没有读写能力，所以无法使用密钥验证方法来进行身份验证，如果标签是有源的，并且会收到不断变化的验证密钥，那将会大大提高其安全性，不过这又会增加其成本。正因为如此，目前的RFID技术要想在对信息有保密要求的领域展开应用还存在着障碍。
