在线微量氧分析仪的原理主要有化学电池法、原电池法、燃料电池法、赫兹电池法和浓差电池法。而在进行微量氧分析时，由于空气中氧含量高，故而如果处理不当极易造成对样品的污染和干扰，出现分析结果数据不正常。以下是测试过程中需要注意的各个方面。
1.泄漏：在线微量氧分析仪在初次启用前必须严格检漏。仪器只有在严密不漏的前提下，才能获得准确数据结果。任何连接点，焊点，阀门等处的不严密，将会导致空气中的氧反渗进入管道及仪器内部，从而得出含氧量偏高的结果。
2.污染：在重新使用仪器时，首先须注意在连接取样管路时是否漏入空气。并且必须认真将漏入空气吹除干净，尽量不使大量氧气通过传感器以延长传感器寿命。在管道系统净化过程中，为缩短净化时间，需要有一定的方法，一般使用高压放气及小流量吹除交替进行可迅速净化管道。
3.气路系统的简化及洁净：微量分析要求必须有效排除气路上的各种管件，阀门，表头等中的死角对样气造成的污染。因此，应尽可能简化气路系统，选用死角小的连接件等。并且，避免使用水封，油封及腊封等设备，防止溶解氧逸出造成污染，更需避免在样气引出至仪器进口的管线上增加易造成污染的净化设备等。只有这样才能保证系统洁净，所得数据准确。
4.干扰杂质的影响：干扰杂质主要指除背景气和待测组分外存在的少量未知杂质，如燃料电池式微氧仪对酸性、氧化性气体敏感，如果气体中含有酸性气体成分，如CO2，H2S，HCl，HCN等，则燃料池传感器易中毒失效。而微量的还原性气体对氧化锆式微氧仪的分析结果产生影响，最近又发现微量的N2O对氧化锆式微量氧分析仪产生影响，所以在检测时要充分考虑到杂质的存在，选择恰当的在线微量氧分析仪，才能得到准确的结果。
