一般而言，
HILIC色谱柱用淋洗液保存即可。若需要长时间保存，需要向柱内泵入3%硼酸溶液，然后取下柱子，用无孔接头将柱子两端堵死，放在通风干燥处保存。短时间不用，建议每周开机一次。
当色谱柱被玷污后，柱效会有所下降，保留时间缩小，分离度下降。清洗时，将色谱柱与抑制器分离，让废液直接排出流速不宜过快1ml/min即可，每次清洗后，应该用去离子水冲洗10分钟以上，再用淋洗液平衡系统。
HILIC色谱柱的清洗应该用哪种溶剂呢？
建议使用有机溶剂乙腈来清洁C18或者C8、硅基HPLC色谱柱。THF是一种强倒相有机溶剂，很难从疏水性键合相上清除，从而导致色谱可变性，不宜使用。大多数情况下，乙腈这种强溶剂足以清除日常使用期间聚积在色谱柱上的样品和流动相成分。
然而用有机溶剂清洁色谱柱之前，一定要保证已经清除流动相和色谱柱中可能残留的缓冲盐，这可以避免这些盐在色谱柱中沉淀。
为此事先应确保流动相中没有缓冲盐，然后用这种混合物（15-20倍柱体积）冲洗色谱柱。也就是说，如果流动相是50％乙腈和50％50mM磷酸盐缓冲液，那么首先应该用50/50（v/v）乙腈和水的混合溶液来清除缓冲盐。接着建议用30-40倍柱体积的纯乙腈冲洗色谱柱。如果认为色谱柱顶部可能有微粒，应该考虑从检测器上拆下色谱柱并反转流向，然后再开始清洁步骤。不要把色谱柱重新连接到检测器上，可以把清洁溶剂收集到一个有倾口的烧杯中。
长期储存色谱柱时一般都建议使用乙腈，按照上述步骤清洁之后，可方便地储存色谱柱。准备重新使用这个储存的溶剂时，记住一定要用不含缓冲盐的流动相冲洗色谱柱，然后再引入缓冲后的流动相，这能再次降低盐沉淀的可能性。
不推荐用洗涤剂来清洁反相（RP）HILIC色谱柱。离子洗涤剂通常是一端带一个离子化基团的长链碳化合物，一般用作离子配对试剂。因为这些长碳链能与反相色谱柱的键合相很牢固地结合起来（如C18反相色谱柱的键合相能牢固地保留洗涤剂的长碳链)，因此很难清除。
