自动计数系统和种子数粒仪都是用于种子计数的仪器，但是它们的区别在于它们的工作原理。
自动计数系统的工作原理是采用图像识别算法计算种子数量。它主要的工作部件是背光装置和嵌入式软件，而软件采用的是*的图像处理技术，根据距离变换原理、形态学、凹点切分等技术综合设计的一款嵌入式软件。因此在工作方式上，种子计数器与种子数粒仪也有区别，比如自动计数系统主要是通过拍照的方式来计数，而种子数粒仪则是通过振动，使种子逐粒排队送料，落入光电转换槽后形成光电脉动，经放大整形倒相后送入计数电路，以LED数码管显示读数。
自动计数系统与种子数粒仪在工作方式上大不相同，而在应用上也是有所区别的，比如，自动计数系统主要应用在农业领域的田间种子测产及考种任务，并且实现自动分析，统计报表。而种子数粒仪可对各种主要粮食作物，如稻、麦、高粱玉米等颗粒进行自动计数，在农科院（所）农业大专院校、种子系统，粮食部门中、考察种子指标，测量千粒重有广泛应用。
虽然自动计数系统与种子数粒仪都是用于农业领域，但是在用途上还是有所区别的，所以如果需要这样一款种子计数仪器，是根据自己的需要来选择。
