由于蓝绿藻的遍布十分的广泛，遍及各地。是较早的光合作用释放氧气的生物重要存在，它可以有不少蓝绿藻(如鱼腥藻)可以直接固定大气中的氮，可以提高土壤的肥力，为作物提供能量供给，使作物增产。还有的蓝绿藻为人们身体提供必要的营养元素供给人们食用，比如的发菜和普通念珠藻(地木耳)、螺旋藻等，都是常见的人们餐桌上的藻类食品。
不过，由于藻类的繁殖生长能力较强，在丰富的水中大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有蓝绿藻腥臭味的浮沫，称为“水华”。大规模的蓝绿藻爆发聚集造成“绿潮”导致水质情况恶化，严重的导致水中的生物鱼类等大量因为缺氧而死亡，这会给水产养殖户们造成严重的损失。
便携式蓝绿藻分析仪由便携式主机以及便携式叶绿素传感器组成。叶绿素传感器是利用叶绿色素在光谱中有吸收峰和发射峰这一特性，在叶绿素的光谱吸收峰发射单色光照射到水中，水中的叶绿素吸收单色光的能量，释放出另外一种波长发射峰的单色光，叶绿素发射的光强与水中叶绿素的含量成正比。
